Данная проблема решается "зазеркаливанием" сайтов.
Подробно об этом написано в FAQ Яндекса. В кратце, могу сказать, что для этого необходимо создать "robots.txt" файл в корне сайта с примерно следующим содержанием:
Код
User-agent: *
Host: site.ru
Где хост - это основной хост.
После того как поисковики успешно проиндексируют этот файл они объединят ссылки. Правда, как ожидают некоторые, чего-то типа PR3+PR2=PR5 не будет.
И почему только некоторые считают, что www.site.ru и site.ru это один и тот же ресурс, а иногда "МОЖНО вводить а МОЖНО не вводить" префикс ( поддомен ) "www.". Весь юмор здесь в слове "можно".